Depois de Portugal ter perdido o exclusivo do comércio com o Brasil, o comércio colonial declinou e apenas recuperou a sua posição de destaque no comércio externo português nos finais do século XIX. Esse comércio colonial estava agora praticamente limitado às colónias africanas (principalmente Angola e S. Tomé e Príncipe) e os primeiros sinais do seu crescimento surgiram a partir de 1869.
Até à crise de 1890-91, o principal valor em dinheiro desse comércio colonial cabia à exportação de artigos estrangeiros, correspondendo os produtos portugueses a menos de metade desse valor; no entanto, depois de 1898, as exportações nacionais passaram a ocupar o primeiro lugar. A política protecionista e de expansão colonial africana dos governos de então foram os responsáveis por esta recuperação. A partir do último quartel do século XIX, o comércio colonial teve um papel decisivo na debilitada economia nacional, ao permitir o escoamento de produtos agrícolas e industriais e novas possibilidades de investimento rentáveis nas colónias africanas.