Damão, Diu, Macau, Solor e Timor. Até 1844 um só governo-geral, sediado no Estado Português da Índia, supervisionava todos estes territórios tão dispersos, mas a partir de então Macau, Solor e Timor passaram a constituir uma província à parte, com os dois últimos territórios a separarem-se de Macau em 1850 e o arquipélago de Solor e a ilha das Flores a ser entregue aos holandeses no ano seguinte.
Mas o século XIX assistiria também a uma geral decadência destas colónias, com o tráfego do Índico já quase por completo entregue aos veleiros suaílis em nome da Coroa portuguesa, mas com o comércio realmente controlado pelos mercadores indianos de um e outro lado do oceano, quando se deu, em 1840, a abertura dos portos a todos os estrangeiros. Além do mais, a expulsão das ordens religiosas em Portugal, a abolição do Padroado Português do Oriente e o corte (ainda que temporário) de relações com a Santa Sé nos primeiros anos do liberalismo provocaram uma significativa diminuição da actividade missionária, uma das grandes intermediárias entre a metrópole e todo o ultramar.