O liberalismo eliminou os privilégios do clero, impondo severas restrições aos seus rendimentos. Foram suprimidos os dízimos, e a propriedade eclesiástica foi sujeita ao pagamento de impostos.
Muitos bens da Igreja e todos os das ordens religiosas (que foram extintas) foram confiscados e nacionalizados ou vendidos em hasta pública. As dioceses e as paróquias foram sujeitas às leis e ao controlo do governo. Ao clero regular foi negado o direito de votar nas eleições e de ser eleito. É certo que a Carta Constitucional reservava aos representantes da alta hierarquia da Igreja um lugar permanente na Câmara dos Deputados; porém, após a guerra civil, o regime liberal demitiu-os (pelo menos até 1844) porque a maioria deles se manifestara a favor de D. Miguel.
Como consequência destas medidas, a maioria dos religiosos estava contra o regime liberal e as relações entre os governos liberais e o clero agravaram-se, levando mesmo a um corte temporário de relações diplomáticas com o Vaticano. A mentalidade laica triunfante tendia, cada vez mais, a separar os interesses do Estado e da sociedade da esfera dos da religião, ao mesmo tempo que a população em geral dava largas a um profundo sentimento anticlerical.