As cortes de Tomar, convocadas por Filipe II, iniciaram-se a 16 de Abril no convento de Cristo, com a presença dos representantes dos três estados. Todos os domínios portugueses declararam reconhecer Filipe II com rei de Portugal, exceptuando a ilha Terceira, cabeça dos Açores, e as ilhas centrais deste arquipélago, que seguiram D. António, prior do Crato.
Nestas cortes salientou-se D. António Pinheiro, brilhante orador e bispo de Leiria, que tranquilizou os presentes quanto às intenções de Filipe II para Portugal. De facto, a 18 de Abril foi afixado o édito de perdão geral para os seguidores de D. António, com excepção daqueles que se mantinham ocultos na clandestinidade.
As cortes terminaram com a redacção dos juramentos dos vinte e cinco capítulos, normas através das quais o rei Filipe II tentava captar simpatias e atenuar susceptibilidades portuguesas. Comprometia-se, entre outras coisas, a manter usos, costumes e privilégios, a língua portuguesa em documentos oficiais e a permanecer em Portugal o máximo de tempo que pudesse, processando-se mesmo a educação do príncipe em Lisboa.