Com o enriquecimento dos burgueses e com o desenvolvimento das cidades nos século XII e XIII, começaram a organizar-se, em algumas cidades europeias, associações de estudantes e professores com o objectivo de promoverem um ensino diferente, ao qual tivessem acesso estudantes de qualquer grupo social. Assim nasceram as primeiras universidades (ou Estudos Gerais).
Em Portugal, D. Dinis, correspondendo aos pedidos de membros do alto clero e para evitar a saída de estudantes para o estrangeiro, criou, em 1288, um Estudo Geral em Lisboa. Durante os primeiros séculos, a universidade portuguesa mudou constantemente entre Lisboa e Coimbra, para finalmente se fixar em Coimbra, no reinado de D. João III (1537). De acordo com a organização dos estudos nas universidades, os alunos começavam por frequentar a Faculdade das Artes e, depois, escolhiam entre as Faculdades de Teologia, Medicina ou Direito. O ensino era feito em latim e tinha como base autores gregos e latinos.