Em 1348 chegou ao reino a peste negra, originária do Oriente, transportada através das pulgas dos ratos e dos homens, em caravanas e navios. Lisboa terá sido a primeira cidade portuguesa a ser atingida, espalhando-se a peste rapidamente a todo o reino, com efeitos devastadores. Desconhece-se o número de vítimas, mas pensa-se que pelo menos um terço da população terá sido vitimado pela peste negra.
A elevada mortalidade desencadeou várias perturbações sociais. Os trabalhadores rurais emigraram para as cidades à procura de melhores condições de vida; este êxodo para as cidades agravou a falta de mão-de-obra rural e aumentou o número de desempregados e mendigos nos centros urbanos. As perturbações sociais levaram, por sua vez, a sucessivos abalos na economia nacional: baixa da produção de cereais, descida dos preços dos produtos agrícolas, subida de salários, agravamento das rendas e reconversão da agricultura (abandono da produção cerealífera, substituída pela criação de gado e produção de vinho e azeite).