As preocupações com a saúde pública só se manifestavam em situações de emergência, como nos casos de epidemias, apesar de a partir de finais do século XV o poder central ter passado a intervir na assistência, com uma tentativa de uniformização.
Nas situações de calamidade, havia de imediato comunicação com todo o país para se encetarem medidas profilácticas, que passavam pelo isolamento dos doentes e limpezas de chafarizes, ruas e cais. Disponibilizavam-se verbas e estabeleciam-se regras de actuação para físicos, cirurgiões e barbeiros. Também havia cuidados especiais nos enterramentos, que deviam ser feitos de noite e fora das igrejas.
Nesta época já existiam vários hospitais, mas também aparece referenciada a assistência domiciliária. Os locais para assistência variavam segundo a condição social do enfermo.